Αποστολή της Γενικής Γραμματείας Εμπορίου είναι η ανάπτυξη της αγοράς και της εγχώριας εμπορικής δραστηριότητας, μέσα από την εφαρμογή της κυβερνητικής πολιτικής για το εμπόριο, την κατανάλωση, τις επιχειρήσεις, την προστασία του καταναλωτή, την καταπολέμηση του παρεμπορίου και των αθέμιτων εμπορικών πρακτικών, καθώς και για την ανταποδοτική αξιοποίηση του θεσμού των δημοσίων συμβάσεων. Προς εκπλήρωση αυτών, μεριμνά ιδίως για τη διασφάλιση του δημοσίου και κοινωνικού συμφέροντος για: 

α) Τη βελτίωση των κανόνων σύστασης και λειτουργίας των επιχειρήσεων, την προαγωγή και τον εκσυγχρονισμό του επιχειρηματικού περιβάλλοντος στην αγορά, στο εμπόριο, καθώς και τη στήριξη των δομών της αγοράς προς ενίσχυση της ανταγωνιστικότητας. 

β) Τον εκσυγχρονισμό και ρύθμιση των κανόνων λειτουργίας του χονδρικού, του λιανικού, του ηλεκτρονικού και του υπαίθριου εμπορίου με σκοπό τη διασφάλιση της ορθής εφαρμογής των κανόνων διακίνησης προϊόντων και παροχής υπηρεσιών και του υγιούς ανταγωνισμού.  

γ) Την προστασία των δικαιωμάτων των καταναλωτών, τη διασφάλιση στην πρόσβαση των υπηρεσιών υγείας, της ασφάλειας και των οικονομικών συμφερόντων του καταναλωτή. 

δ) Τον συντονισμό υπηρεσιών και αρχών για την εποπτεία της αγοράς σε περιόδους κρίσεων, κυρίως υγειονομικών και οικονομικών για τη διασφάλιση της απρόσκοπτης τροφοδοσίας της αγοράς, των οικονομικών συμφερόντων των καταναλωτών, και την αντιμετώπιση φαινομένων αισχροκέρδειας, αθέμιτων εμπορικών πρακτικών και την ενημέρωση του κοινού για κανόνες και διαδικασίες λειτουργίας της αγοράς. 

ε) Τον σχεδιασμό και υλοποίηση δημοσίων συμβάσεων σε κεντρικό επίπεδο μέσω των δραστηριοτήτων της Εθνικής Κεντρικής Αρχής Αγορών, τον προγραμματισμό των προμηθειών του κράτους για αγαθά και υπηρεσίες, τον διαρκή εκσυγχρονισμό των τεχνικών σύναψης δημοσίων συμβάσεων με ηλεκτρονικές διαδικασίες και την αύξηση της αποτελεσματικότητας του σχετικού ρυθμιστικού πλαισίου με σκοπό την επίτευξη της βέλτιστης σχέσης κόστους-ποιότητας, την ακεραιότητα, τη διαφάνεια, τη μείωση του περιβαλλοντικού αποτυπώματος και τη διευκόλυνση της συμμετοχής των επιχειρήσεων στις προμήθειες του δημοσίου. 

Στη Γενική Γραμματεία Εμπορίου υπάγονται οι ακόλουθες οργανικές μονάδες: